DISCIPLINAS OFERECIDAS
Boletim do 1º semestre no formato PDF
Boletim do 2º semestre no formato PDF
2º SEMESTRE
MESTRADO PROFISSIONAL EM ACONSELHAMENTO GENÉTICO E GENÔMICA HUMANA
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MAG 5001 – GENÉTICA HUMANA Profs. Resp.: Dras. Mariz Vainzof e Célia Priszkulnik Koiffmann Dia da Semana: 5ª feira Horário: 9h às 12h Período: 15/08 a 07/11 Cancelar até: 05/09 Créditos: 6 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático OBS: Disciplina obrigatória para os alunos do curso de Mestrado Profissional em Aconselhamento Genético e Genômica Humana CONTEÚDO: Herança autossômica e ligada ao X. Herança mitocondrial. Padrões atípicos de herança. Herança multifatorial. Cromossomos Humanos e sua alterações numéricas e estruturais.Bases moleculares e bioquímicas das doenças genéticas. Farmacogenética e Farmacogenômica. Genética e Câncer. Teratogênese.Tratamento das doenças genéticas. Diagnóstico pré-natal. Riscos de ocorrência e de recorrência das doenças genéticas. Estudos populacionais, polimorfismos genéticos e a importância das variantes genéticas benignas e patogênicas.
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MAG 5002 – GENÉTICA MOLECULAR HUMANA E GENÔMICA Prof. Resp.: Drs. Regina Célia Mingroni Netto, Ana Cristina Victorino Krepischi, Maria Rita Santos Passos Bueno e Oswaldo Keith Okamoto Dia da Semana: 6ª feira Horário: 8h às 12h Período: 09/08 a 06/12 Cancelar até: 07/09 Créditos: 8 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático OBS: Disciplina obrigatória para os alunos do curso de Mestrado Profissional em Aconselhamento Genético e Genômica Humana CONTEÚDO: Estrutura e funcionamento do gene (replicação, transcrição, tradução) ; mecanismos de regulação da expressão dos genes; organização do genoma humano e suas diferentes categorias de sequências; tipos de variação entre genomas (mutação e polimorfismo) e seu papel na origem das doenças; noções de patologia molecular; técnicas fundamentais de biologia molecular aplicadas ao diagnóstico de doenças genéticas humanas e interpretação de seus resultados; noções básicas sobre utilização de bancos de dados de informações genômicas e sua importância na interpretação de resultados de testes genéticos; sequenciamento de nova geração e sua aplicação no estudo das doenças genéticas humanas.
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MAG 5005 – ASPECTOS ÉTICOS E PSICOLÓGICOS DO ACONSELHAMENTO GENÉTICO Profas. Resp.: Dras. Célia Priszkulnik Koiffmann e Mayana Zatz Colaboradora: Dra. Regina Célia Mingroni Netto Dia da Semana: 4ª feira Horário: 8h30 às 12h30 Período: 07/08 a 15/11 Cancelar até: 02/09 Créditos: 4 Vagas: máximo 6 Local: Google Meet OBS: Disciplina obrigatória para os alunos do curso de Mestrado Profissional em Aconselhamento Genético e Genômica Humana CONTEÚDO: Discutir aspectos éticos e psicológicos relacionados ao Aconselhamento genético em familias com afetados (ou com risco aumentado de afetados) por doenças genéticas; discutir as repercussões éticas sobre a sociedade dos avanços nas pesquisas genômicas e das pesquisas sobre terapia celular (células-tronco) e terapia gênica.
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BIOLOGIA (GENÉTICA)
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BIE 5731 – ECOLOGIA EVOLUTIVA Profs. Resp.: Dr. Rodrigo Cogni Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 10h às 12h e 14h às 16h Período: 25/11 a 20/12 Cancelar até: 01/12 Créditos: 6 Vagas: máximo 16, mínimo 5 Local: a definir OBS: A semana de 16 a 20/12 será reservada para escrita do ensaio individual. CONTEÚDO: Variação genética, deriva genética, seleção natural e adaptação, evolução fenotípica, evolução de história de vida, sexo e sucesso reprodutivo, evolução de conflito e cooperação, evolução de interações ecológicas.
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BIO 5731 – FERRAMENTAS ÔMICAS PARA O ESTUDO DE GENES E PROTEÍNAS DE ORGANISMOS NÃO MODELO Profs. Resp.: Drs. Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo e Solange Maria de Toledo Serrano Dia da Semana: 3ª e 5ª feira Horário: 9h às 12h30 Período: 17/09 a 24/10 Cancelar até: 27/09 Créditos: 4 Vagas: mínimo 4, máximo 15 Local: Instituto Butantan - ESIB CONTEÚDO: Relações entre genoma, transcriptoma, proteoma e metaboloma; Características essenciais de ácidos nucléicos e proteínas que permitem sua análise; Métodos clássicos para estudos de transcritos e genomas; Plataformas de Sequenciamento de Nova Geração (NGS); Métodos atuais para sequenciamento de genomas complexos; Uso de RNAseq para a descoberta de genes e seus produtos; Uso de RNAseq para análise da expressão gênica em organismos sem genomas de referência; Princípios de bioinformática para análise de dados transcriptômicos e genômicos; Métodos clássicos para o isolamento de proteínas e peptídeos; Sequenciamento de peptídeos e proteínas por degradação de Edman; Análise de misturas proteicas complexas por eletroforese bidimensional e análise cromatográfica; Conceitos básicos na análise de peptídeos e proteínas por espectrometria de massas; Identificação de proteínas por digestão com tripsina in vitro e análise por espectrometria de massas; Seminários sobre trabalhos clássicos e atuais envolvendo os temas acima; Exercícios de prática de planejamento experimental.
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BIO 5738 – TENDÊNCIAS ATUAIS EM GENÉTICA E BIOLOGIA EVOLUTIVA Prof. Resp.: Drs. Ernesto da Silveira Goulart Guimarães, Lygia da Veiga Pereira Carramaschi e Ana Paula Aprigio Assis Dia da Semana: 2ª feira Horário: 13h às 14h Período: 05/08 a 07/10 Cancelar até: 22/08 Créditos: 2 Vagas: mínimo 2, máximo 20 Local: Sala Therezinha Ungaretti, Depto. Genética e Biologia Evolutiva CONTEÚDO: Expor os alunos a temas atuais de pesquisa em genética e biologia evolutiva, estimulando uma postura crítica, questionamento de metodologias empregadas, consideração dos desenhos experimentais e embasamento teórico.
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BIO 5740 – BIOÉTICA E GENÔMICA Prof. Resp.: Drs. Michel Satya Naslavsky e João Francisco Nobre Brito Cortese Dia da Semana: 3ª feira Horário: 14h às 16h Período: 06/08 a 19/11 Cancelar até: 01/09 Créditos: 3 Vagas: máximo 30 Local: a definir CONTEÚDO: Conceitos fundamentais em genética e genômica; Comitês de ética: resoluções, diretrizes e normas, pacientes, voluntários, populações especiais e consumidores; Aconselhamento genético e diagnóstico molecular: TCLE, achados incidentais, casos e decisões; Testes diretos ao consumidor: ancestralidade, busca de parentes e saúde; Medicina P4 parte 1: predição, prevenção de doenças em indivíduos saudáveis, triagem populacional e impactos socioeconômicos; Dados genéticos e riscos individuais e coletivos; Lei Geral de Proteção de Dados e outras medidas; Biotecnologia: seleção e edição de embriões; Implementações para redução de assimetrias; Difusão científica em genômica e bioética; Justiça e Genômica; Teorias, correntes e conceitos bioéticos relacionados à genômica; Eugenia; Melhoramento genético; IA e genômica; Futuro da genômica.
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BIO 5748 – ANTROPOLOGIA BIOLÓGICA E O ESTUDO DA DIVERSIDADE HUMANA ATRAVÉS DE REMANESCENTES ESQUELETAIS Prof. Resp.: Dra. Maria Mercedes Martinez Okumura Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 10h às 12h Período: 02/08 a 04/09 Cancelar até: 12/08 Créditos: 4 Vagas: máximo 30 Local: Aulas virtuais (Google Meet) CONTEÚDO: Introdução a Antropologia Biológica. Antropologia Biológica na América do Sul. Ossos. Estimativa de sexo e idade. Modificação corporal. Distância Biológica. Raças e Antropologia Biológica. Paleogenética. Paleopatologia. Rituais funerários. Escavação. Curadoria. Ossos e troféus.
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BIO 5793 – INTRODUÇÃO À PROGRAMAÇÃO DE COMPUTADORES PARA BIOLOGIA Prof. Resp.: Dra. Tatiana Teixeira Torres Dia da Semana: 3ª feira Horário: 10h às 12h Período: 06/08 a 03/12 Cancelar até: 04/09 Créditos: 6 Vagas: mínimo 5, máximo 20 Local: Centro Didático CONTEÚDO: Apresentação de conceitos básicos de desenvolvimento de algoritmos e sua representação em linguagem de alto nível. Capacitação no uso da linguagem Perl. Desenvolvimento, implementação de programas simples e inteligência artificial e suas aplicações na resolução de problemas biológicos.
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BIO 5801 – BIOLOGIA EVOLUTIVA E ESTATÍSTICA Prof. Resp.: Dr. Gabriel Henrique Marroig Zambonato Dia da Semana: 5ª feira Horário: 14h às 18h Período: 08/08 a 03/10 Cancelar até: 23/08 Créditos: 6 Vagas: mínimo 2, máximo 20 Local: Centro Didático CONTEÚDO: Origem e manutenção de fenótipos complexos, arquitetura genética e modularidade; integração morfológica; Consequências Evolutivas da Modularidade; Adaptação e acaso: modelos nulos e reconstrução de gradientes seletivos. Noções básicas e avançadas de estatística.
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BIO 5804 – INTRODUÇÃO À PROTEÔMICA FUNCIONAL DA REPRODUÇÃO Profs. Resp.: Drs. Maria Dulcetti Vibranovski e Timothy Lawrence Karr (Arizona State University, EUA) Dia da Semana: 2ª, 4ª e 5ª feira Horário: 13h às 18h Período: 09/09 a 12/09 Cancelar até: 10/09 Créditos: 2 Vagas: mínimo 2, máximo 15 Local: Centro Didático Obs.: 1) A disciplina será ministrada em inglês. 2) Matrículas até 05/09, através de formulário específico, na secretaria de pós graduação do IBUSP (ou da unidade USP de origem do aluno). CONTEÚDO: Reprodução animal a partir de uma perspectiva do proteoma, com ênfase na integração com genômica funcional e bioinformática. O curso é projetado para fornecer uma estrutura para a aplicação de tecnologias proteômicas a sistemas biológicos complexos. Para isso, o curso introduzirá a teoria básica da espectrometria de massa e como os métodos de espectrometria de massa e cromatografia de alta pressão são aplicados à análise dos proteomas de células, tecidos e órgãos para examinar e investigar aspectos fundamentais da biologia reprodutiva.
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BIO 5805 – INFERÊNCIA DEMOGRÁFICA E SELEÇÃO NATURAL Prof. Resp.: Dra. Tábita Hünemeier Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 17h Período: 25/11 a 29/11 Cancelar até: 26/11 Créditos: 2 Vagas: mínimo 8, máximo 25 Local: Centro Didático Obs.: A disciplina será ministrada em inglês CONTEÚDO: Aprendizado de conceitos fundamentais e abordagens avançadas para reconstruir a história demográfica das populações e inferir a seleção natural, utilizando tanto técnicas clássicas quanto baseadas em métodos de Machine Learning. Programação em R é um pré-requisito.
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BIO 5806 – MORFOMETRIA 3D E ANÁLISE DE IMAGENS COM SLICERMORPH (Disciplina incluída, em credenciamento) Prof. Resp.: Drs. Ana Paula Aprígio Assis e Rafaela Velloso Missagia Prof. Colab.: Dr. Murat Maga (University of Washington) Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 12h e 13h às 17h30 Período: 16/12 a 20/12 Cancelar até: Créditos: 2 Vagas: máximo 30 Local: Sala LIPED - edifício Minas Gerais- IB Obs.: A disciplina será oferecida em inglês. é necessário que os alunos tragam seus laptops para realização de atividades práticas. CONTEÚDO: Imagens 3D e conceitos básicos de processamento de imagem; introdução a várias modalidades de imagem 3D, suas aplicações, limitações e como extrair informações quantitativas de conjuntos de dados 3D; conceitos fundamentais em processamento e análise de imagens, como filtros de imagem, segmentação e visualização; Slicer #1: interface do usuário, funcionalidades, extensões e ajuda; Slicer #2: formatos de dados, busca de dados online e salvamento; Introdução à Análise Estatística de Formas I: métodos baseados em pontos de referência, morfometria geométrica, homologia biológica vs. geométrica, e parâmetros de nuisance; Introdução à Análise Estatística de Formas II: Análise de Procrustes Generalizada, métricas de distância, decomposição da variância de forma e visualização; Slicer #3: segmentação e conversão de malha; Slicer #4: medições, visualização, animação e renderização em alta resolução; análise baseada em modelos e anatomia computacional; SlicerMorph #1: coleta de dados de referência; SlicerMorph #2: patches, grid, semi e pseudopontos de referência; registro de imagens e modelos em 3D Slicer e SlicerMorph; uso de nuvem para compartilhamento de dados e colaboração; ciência reprodutível com Git e GitHub; SlicerMorph #3: ALPACA e DeCal; SlicerMorph #4: integração do SlicerMorph com R; Slicer #5: scripting e tarefas repetitivas; iniciar laboratórios e práticas de gerenciamento de dados; laboratório de git e gitHub; SlicerMorph #5: experimentação com módulos MorphoCloud e MorphoDepot; conclusão diária com apresentações dos participantes e sessões abertas para trabalho com dados próprios, além de sessões de perguntas e respostas..
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MAG 5001 – GENÉTICA HUMANA Profs. Resp.: Dras. Mariz Vainzof e Célia Priszkulnik Koiffmann Dia da Semana: 5ª feira Horário: 9h às 12h Período: 15/08 a 07/11 Cancelar até: 05/09 Créditos: 6 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático OBS: Disciplina obrigatória para os alunos do curso de Mestrado Profissional em Aconselhamento Genético e Genômica Humana CONTEÚDO: Herança autossômica e ligada ao X. Herança mitocondrial. Padrões atípicos de herança. Herança multifatorial. Cromossomos Humanos e sua alterações numéricas e estruturais.Bases moleculares e bioquímicas das doenças genéticas. Farmacogenética e Farmacogenômica. Genética e Câncer. Teratogênese.Tratamento das doenças genéticas. Diagnóstico pré-natal. Riscos de ocorrência e de recorrência das doenças genéticas. Estudos populacionais, polimorfismos genéticos e a importância das variantes genéticas benignas e patogênicas.
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MAG 5002 – GENÉTICA MOLECULAR HUMANA E GENÔMICA Prof. Resp.: Drs. Regina Célia Mingroni Netto, Ana Cristina Victorino Krepischi, Maria Rita Santos Passos Bueno e Oswaldo Keith Okamoto Dia da Semana: 6ª feira Horário: 8h às 12h Período: 09/08 a 06/12 Cancelar até: 07/09 Créditos: 8 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático OBS: Disciplina obrigatória para os alunos do curso de Mestrado Profissional em Aconselhamento Genético e Genômica Humana CONTEÚDO: Estrutura e funcionamento do gene (replicação, transcrição, tradução) ; mecanismos de regulação da expressão dos genes; organização do genoma humano e suas diferentes categorias de sequências; tipos de variação entre genomas (mutação e polimorfismo) e seu papel na origem das doenças; noções de patologia molecular; técnicas fundamentais de biologia molecular aplicadas ao diagnóstico de doenças genéticas humanas e interpretação de seus resultados; noções básicas sobre utilização de bancos de dados de informações genômicas e sua importância na interpretação de resultados de testes genéticos; sequenciamento de nova geração e sua aplicação no estudo das doenças genéticas humanas.
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MAG 5005 – ASPECTOS ÉTICOS E PSICOLÓGICOS DO ACONSELHAMENTO GENÉTICO Profs. Resp.: Dras. Célia Priszkulnik Koiffmann e Mayana Zatz Colaboradora: Dra. Regina Célia Mingroni Netto Dia da Semana: 4ª feira Horário: 8h30 às 12h30 Período: 07/08 a 15/11 Cancelar até: 02/09 Créditos: 4 Vagas: máximo 6 Local: Google Meet OBS: Disciplina obrigatória para os alunos do curso de Mestrado Profissional em Aconselhamento Genético e Genômica Humana CONTEÚDO: Discutir aspectos éticos e psicológicos relacionados ao Aconselhamento genético em familias com afetados (ou com risco aumentado de afetados) por doenças genéticas; discutir as repercussões éticas sobre a sociedade dos avanços nas pesquisas genômicas e das pesquisas sobre terapia celular (células-tronco) e terapia gênica. |
BOTÂNICA
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BIB 5734 – TÓPICOS EM PRODUTOS NATURAIS Profs. Resp.: Drs. Antonio Salatino, Marcelo José Pena Ferreira e Maria Luiza Faria Salatino Dia da semana: 4ª feira Horário: 13h às 14h Período: 04/09 a 13/11 Cancelar até: 21/09 Créditos: 2 Vagas: máximo 10, mínimo 2 Local: Oferecimento remoto (plataforma Google Meet) Observações: o calendário de 10 seminários será distribuído na vigência da disciplina. Como o período ultrapassa 10 semanas, em algumas datas não ocorrerão seminários, conforme cronograma a ser definido e distribuído. Disciplina 100% remota, com aulas síncronas através da plataforma virtual Google Meet. Interações alunos/professores: durante as aulas e, em outros períodos, por e-mail. Controle da frequência: presença na sala virtual da disciplina. É necessário que o aluno disponha de equipamento eletrônico (computador ou celular) contendo câmera e áudio (microfone) nas aulas. CONTEÚDO: Temas variados e atuais em estudos fitoquímicos, incluindo o metabolismo primário e secundário e suas interfaces; Diversidade e distribuição de metabólitos secundários; Atividades biológicas de metabólitos secundários; Mudanças no perfil de metabólitos secundários frente a fatores de estresse biótico e ambiental; Interações entre organismos mediadas por metabólitos; Metodologias de análise de metabólitos secundários (extração, cromatografias, espectroscopia, análises metabolômicas).
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BIB 5754 – PRODUTOS NATURAIS I: BIOSSÍNTESE E DISTRIBUIÇÃO EM ESPÉCIES VEGETAIS Prof. Resp.: Dr. Marcelo José Pena Ferreira Dia da semana: 2ª feira Horário: 9h às 11h30 e 14h às 17h30 Período: 26/08 a 30/09 Cancelar até: 05/09 Créditos: 6 Vagas: máximo 15, alunos especiais 3 Local: Centro Didático CONTEÚDO: Biossíntese, distribuição taxonômica e aplicações das principais classes de metabólitos secundários. 1- Ácidos graxos e Policetídeos; 2- Terpenoides; 3- Substâncias fenólicas; 4- Alcaloides e derivados nitrogenados.
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BIB 5759 – O HERBÁRIO, SUAS COLEÇÕES E SEU FUNCIONAMENTO Profs. Resp.: Drs. José Rubens Pirani, Gregório Cardoso Tápias Ceccantini, Otávio Luis Marques da Silva Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 8h às 12h e 14h às 17h Período: 01 a 12/07 Cancelar até: 04/07 Créditos: 4 Vagas: máximo 10 Local: Centro Didático, Sobre as ondas OBS: 1) Matrícula até 25/06, através de formulário específico, na secretaria de pós graduação do IBUSP (ou da unidade USP de origem do aluno). CONTEÚDO: Capacitar o aluno entender a necessidade, importância e o funcionamento de um herbário e suas coleções associadas (carpoteca, palinoteca, xiloteca); 2) conhecer a história das coleções botânicas vasculares e sua organização em herbários; 3) Conhecer os principais herbários e coleções do mundo e do Brasil; 4) Apresentar fundamentos de georreferenciamento e utilização geolocalização; 5) Analisar problemas de rastreamento e compartilhamento de dados e tipificação de exemplares; 6) Conhecer as principais formas coleta, preservação, armazenamento e risco para materiais botânicos; 7) Treinamento do processo de preparo e curadoria de exsicatas e coleções acessórias, bem como da publicação de dados associados; 8) Saber analisar criticamente a qualidade de exemplares de coleções e reconhecer patologias e atuar na profilaxia de patologias que podem destruir coleções.
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BIB 5769 – ANATOMIA DA MADEIRA APLICADA À TAXONOMIA E FILOGENIA Profa. Resp.: Dra. Veronica Angyalossy Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 17h Período: 25/11 a 20/12 Cancelar até: 01/12 Créditos: 8 Vagas: máximo 15 Local: Centro Didático CONTEÚDO: A disciplina tem por objetivo utilizar a diversidade das características anatômicas do lenho do caule com propósitos taxonômicos e fillogenéticos, de forma a caracterizar e analisar gêneros e famílias, com representantes arbóreos/ arbustivos/lianescentes, dentro de seus respectivos clados, de acordo com APG (2016).
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BIB 5781 – INTRODUÇÃO À BIOINFORMÁTICA PARA O ESTUDO DA EXPRESSÃO GÊNICA VEGETAL Prof. Resp.: Dra. Cristiane Paula Gomes Calixto Colabs.: Drs. Craig Simpson, Runxuan Zhang e Victória de Carvalho Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 14h às 17h Período: 08 a 26/08 Cancelar até: 13/08 Créditos: 6 Vagas: máximo 50 Local: Centro Didático e aulas virtuais assíncronas OBS: O curso será ministrado exclusivamente em inglês no formato híbrido. CONTEÚDO: 1. Introdução à Bioinformática; 2. Regulação do transcriptoma vegetal; 3. Análise global do transcriptoma; 4. Transcriptômica comparada e metatranscriptômica; 5. Análise exploratória de dados de transcriptoma: aplicativo 3D RNA-seq; 6. Introdução à Biologia de Sistemas; 7. Biologia de Sistemas aplicada a estudos de transcriptoma vegetal. 8. Bancos de dados de plantas: Introdução e análises funcionais.
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BIB 5793 – ATUALIZAÇÃO FICOLÓGICA II Prof. Resp.: Drs. Estela Maria Plastino e Mariana Cabral de Oliveira Dia da Semana: 6ª feira Horário: 12h30 às 13h30 Período: 09/08 a 06/12 (será oferecida quinzenalmente, 10 aulas) Cancelar até: 31/08 Créditos: 2 Vagas: mínimo 20 Local: Sala 132 – Departamento de Botânica CONTEÚDO: Temas variados da área de Ficologia. Programa de atualização permanente dos alunos que fazem pós-graduação em algas. Intercâmbio de informações sobre os projetos de pesquisa em Ficologia. Exposição dos projetos de dissertação/tese a debates e críticas mais abrangentes. Curso baseado em seminários.
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BIB 5804 – ULTRAESTRUTURA DA CÉLULA VEGETAL Prof. Resp.: Dr. Diego Demarco Dia da Semana: 6ª feira Horário: 9h às 18h Período: 09/08 a 04/10 Cancelar até: 24/08 Créditos: 6 Vagas: máximo 20 Local: Minas e CAIMi CONTEÚDO: A célula vegetal. Parede celular. Membrana plasmática e plasmodesmos. Retículo endoplasmático e ribossomos. Dictiossomo. Mitocôndria e microcorpos. Plastídeos. Vacúolo. Núcleo. Citoesqueleto, divisão e diferenciação celular. Tipos celulares e suas particularidades. Metabolismo: a integração entre as organelas. Técnicas de microscopia eletrônica de transmissão. |
ECOLOGIA
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BIE 5707 – INTRODUÇÃO À MODELAGEM HIERÁRQUICA PARA BIÓLOGOS Prof. Resp.: Dr. Glauco Machado Colab.: Dr. Gonçalo Nuno Côrte Real Ferraz de Oliveira Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 18h Período: 04 a 18/08 Cancelar até: 07/08 Créditos: 4 Vagas: máximo 20 Local: Instituto Altomontana, Itamonte, de 4 a 11 de agosto OBS: A disciplina demanda inscrição prévia. Apenas os alunos já selecionados nesta inscrição prévia poderão se matricular. CONTEÚDO: O plano do curso parte da distinção entre trabalho teórico e empírico, aborda a importância da incerteza na ecologia e exemplifica o ajuste de modelos estatísticos a dados sob a perspectiva Bayesiana e de Verossimilhança Máxima. Os exemplos de modelagem usarão dados de contagem de animais não marcados, de marcação e recaptura e de detecção de espécies. No último dia, abordaremos a utilidade da estimativa de parâmetros para o monitoramento e manejo de biodiversidade. Durante as aulas práticas, daremos particular importância à simulação de dados e análise de dados simulados, técnica que permite avaliar o desempenho das análises e compreender o funcionamento dos modelos.
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BIE 5731 – ECOLOGIA EVOLUTIVA Profs. Resp.: Dr. Rodrigo Cogni Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 10h às 12h e 14h às 16h Período: 25/11 a 20/12 Cancelar até: 01/12 Créditos: 6 Vagas: máximo 16, mínimo 5 Local: a definir OBS: A semana de 16 a 20/12 será reservada para escrita do ensaio individual. CONTEÚDO: Variação genética, deriva genética, seleção natural e adaptação, evolução fenotípica, evolução de história de vida, sexo e sucesso reprodutivo, evolução de conflito e cooperação, evolução de interações ecológicas.
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BIE 5753 – COMPLEXIDADE EM SISTEMAS ECOLÓGICOS Profs. Resp.: Drs. Paulo Roberto Guimarães Junior, Ana Paula Aprígio de Assis e Erika Marques de Santana Dia da Semana: 2ª feira Horário: 10h às 12h Período: 12/08 a 14/10 Cancelar até: 27/08 Créditos: 3 Vagas: máximo 15 Local: Centro Didático CONTEÚDO: (1) O que é complexidade?, (2) complexidade em sistemas ecológicos, (3) dinâmica populacional em tempo discreto e contínuo, (4) auto-organização e difusão em sistemas ecológicos, (5) criticalidade, perda de habitat e limiares de extinção, (6) estrutura, estabilidade e complexidade em redes ecológicas.
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BIE 5766 – ECOLOGIA MARINHA Profs. Resp.: Drs. Ronaldo Bastos Francini Filho, Augusto Alberto Valero Flores, Áurea Maria Ciotti Colaboradores: Drs. Hudson Tércio Pinheiro e Marcelo Kitahara (CEBIMAr-USP) Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 22h Período: 04 a 15/11 Cancelar até: 07/11 Créditos: 4 Vagas: máximo 15 Local: Centro de Biologia Marinha da USP (São Sebastião-SP) OBS: Os alunos deverão chegar na manhã do dia 4/11 e devem cobrir os custos com alojamento e alimentação, conforme taxas vigentes do CEBIMar. Alunos regulares do Programa de Ecologia poderão pedir reembolso pelo PROEX. CONTEÚDO: (1) História da Ecologia Marinha, (2) Ambiente físico, divisões dos oceanos e principais habitats, (3) Ciclos de vida, dispersão e conectividade ecológica, (4) Estrutura de comunidades no espaço e no tempo: padrões e processos, (5) Abordagens filogenéticas e funcionais (6) Macroecologia marinha, (7) O papel das interações biológicas e do comportamento, (8) Trofodinâmica, (9) Abordagens metodológicas em ecologia marinha, (10) Mudanças globais e impactos antrópicos, (11) Conservação marinha.
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BIE 5769 – CIÊNCIA DE SÍNTESE FACE AOS DESAFIOS SOCIOECOLÓGICOS Prof. Resp.: Dr. Jean Paul Walter Metzger Colaboradores: A definir Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 12h Período: 18/11 a 29/11 (presencial) entrega de relatório final até 6/12 Cancelar até: 23/11 Créditos: 6 Vagas: máximo 20 Local: Departamento de Ecologia e/ou Centro Didático CONTEÚDO: Teoria: O que é ciência de síntese? Conceituação de multi, inter e transdisciplinaridade; Noções de ciência colaborativa e inteligência coletiva; Coprodução e interface ciência/política – o que é o “conhecimento acionável”? Desafios socioecológicos e sustentabilidade – ciência transformativa; Teoria de mudança, caminhos de impacto e impacto societal.
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BIE 5778 – ECOLOGIA DE COMUNIDADES Profs. Resp.: Drs. Renata Pardini e Paulo Inácio de Knegt López Prado Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h30 às 12h30 e 14h30 às 17h30 Período: 27/01 a 28/02 Cancelar até: 04/02 Créditos: 6 Vagas: mínimo 5, máximo 20 Local: Departamento de Ecologia OBS: 1) Matrícula de 18/11 a 13/12/2024, através de formulário específico, na secretaria de pós graduação do IBUSP (ou da unidade USP de origem do aluno). 2) As aulas serão presenciais, de 27 de janeiro a 21 de fevereiro de 2025. A última semana (22 a 28/02/25) é destinada à preparação de ensaio. 3) Por favor verifique as exigências da disciplina antes de inscrever-se. Ver seção avisos em http://ecologia.ib.usp.br/bie5778. 4) Nossa disciplina oferece alguns recursos que visam a inclusão e acessibilidade. Entre em contato com os docentes se quiser conhecer o que já existe, ou para nos enviar suas demandas por novas práticas e recursos, para construirmos uma disciplina cada vez mais acessível. CONTEÚDO: Nesta disciplina discutimos as principais teorias em Ecologia de Comunidades, que propõem como diferentes combinações de quatro processos fundamentais (seleção, dispersão, deriva e especiação) criam e mantém as comunidades biológicas.
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BIE 5781 - MODELAGEM ESTATÍSTICA PARA ECOLOGIA E RECURSOS NATURAIS Profs. Resp.: Drs. Paulo Inácio de Knegt López Prado e João Luis Ferreira Batista Colaborador: Dr. Diogo Amaral Rebouças Melo Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h30 às 12h30 e 14h30 às 17h30 Período: 04/11 a 27/11 Cancelar até: 09/11 Créditos: 6 Vagas: máximo 40, mínimo 5 Local: Departamento de Ecologia OBS: 1) Por favor verifique a proposta e orientações da disciplina antes de inscrever-se. Ver as seções "página inicial" e "informações gerais" no site: http://insilvaarbores.com.br/BIE5781/. 2) Nossa disciplina oferece alguns recursos que visam a inclusão e acessibilidade. Entre em contato com os responsáveis se quiser conhecer o que já existe, ou para nos enviar suas demandas por novas práticas e recursos, para construirmos uma disciplina cada vez mais acessível.
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BIE 5782 – USO DA LINGUAGEM R PARA ANÁLISE DE DADOS Profs. Resp.: Drs. Alexandre Adalardo de Oliveira, Renato Augusto Ferreira de Lima e Ana Paula Aprígio Assis Dia da semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 18h Período: 12/08 a 20/09 Cancelar até: 21/08 Créditos: 8 Vagas: mínimo 5, máximo 50 Local: IB e ESALQ Obs.: 1 - Veja as orientações a interessados/as no site da disciplina antes de se inscrever, inclusive as atividades prévias ao início das aulas presenciais:http://ecor.ib.usp.br. As aulas presenciais acontecerão entre os dias 19 de agosto a 13 de setembro (sem atividades no recesso da semana da pátria entre 02 a 08 de setembro) simultaneamente no programa de Ecologia no IB e de Recursos Florestais na Esalq. A primeira e a última semana são dedicadas a atividade assíncronas. CONTEÚDO: 1. Histórico e filosofia de trabalho do R; 2. Funções no R e sua aplicação; 3. Leitura e manipulação de dados; 4. Análise exploratória de dados; 5. Modelos lineares; 6. Simulações e reamostragem. 7. Noções de programação
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BIE 5786 – ECOLOGIA DE POPULAÇÕES Prof. Resp.: Dr. Roberto Kraenkel Dia da semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 17h (2ª e 6ª) e 9h às 12h (4ª feira) Período: 07 a 25/10 Cancelar até: 12/10 Créditos: 5 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático Obs.: A disciplina pressupõe conhecimentos básicos de cálculo diferencial. CONTEÚDO: Populações e a sua descrição. Populações de uma espécie, crescimento exponencial e logístico. Interações: competição, predação, mutualismo. Módulos de comunidade. Metapopulações. |
BIE 5798 – BOAS PRÁTICAS E FERRAMENTAS DA CIÊNCIA ABERTA NA ECOLOGIA Profs. Resp.: Drs. Daniela Lopes Scarpa e Gabriel Nakamura de Souza Colabs.: Dra. Melina de Souza Leite Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 17h Período: 08 a 17/07 Cancelar até: 07/02 Créditos: 2 Vagas: máximo 15 Local: Departamento de Ecologia OBS: Matrícula até 25/06/2024, através de formulário específico, na secretaria de pós graduação do IBUSP (ou da unidade USP de origem do aluno). Disciplina condensada. O prazo de entrega do trabalho final será de 1 semana após o término das aulas. O aluno deve ter conhecimento da linguagem R e ter, de preferência, dados de seu projeto já coletados ou parcialmente coletados para que possa realizar o trabalho final. As atividades práticas serão feitas no computador, por isso, espera-se que o aluno traga um laptop/notebook. Para casos em que isso não seja possível, por favor escrever para Melina Leite (Este endereço de email está sendo protegido de spambots. Você precisa do JavaScript ativado para vê-lo.). A lista de programas necessários será enviada aos alunos inscritos antes do início do curso. CONTEÚDO: (1) Ciência aberta: Introdução, motivação, tendências e razões para práticas científicas abertas. (2) A importância dos dados em ecologia: valoração, organização e publicação. (3) Reprodutibilidade científica e reprodutibilidade computacional como fundamento básico de qualquer investigação científica. (4) Ferramentas de controle de versão para código de análises de dados (git, GitHub) e ferramentas para escrita de relatórios (material suplementar, websites, livros, vinhetas) e códigos em R (Rmarkdown/Quarto). (5) Outras ferramentas para assegurar reprodutibilidade computacional das análises: dockers/containers, e pacotes em R. (6) Repositórios online e o DOI (Digital Object Identifier): tipos de repositórios para dados, análises e manuscritos (PrePrints). (7) Outras tendências em ecologia e ciência aberta.
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FISIOLOGIA GERAL
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BIF 5708 – BIOLOGIA EXPERIMENTAL Prof. Resp.: Dr. Michael Hrncir Colaboradora: Dra. Laura Camila Cabanzo Olarte Dia da Semana: 3ª feira Horário: 8h às 16h Período: 03/09 a 10/12 Cancelar até: 29/09 Créditos: 8 Vagas: máximo 30 Local: Centro Didático CONTEÚDO: 1. Introdução à biologia experimental, pensamento científico, método científico; 2. A formulação de perguntas e hipóteses, teste de hipóteses, hipótese nula e hipóteses alternativas, erros tipo I e II, confiança e significância; 3. Variação interindividual, replicação, pseudoreplicação e randomização; 4. Desenho experimental, a importância do grupo controle; 5. Aquisição de dados, calibração, variabilidade individual do observador, variabilidade entre observadores, efeito do observador; 6. Métodos de análise, exploração gráfico dos resultados, análises estatísticas; 7. Elaboração, execução e análise de um projeto de pesquisa experimental (individual ou em grupo).
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BIF 5739 – EDIÇÃO DE IMAGENS CIENTÍFICAS Prof. Resp.: Dra. Talita Sarah Mazzoni Dia da semana: 5ª e 6ª feira Horário: 8h às 12h e 14h às 18h Período: 22/08 a 13/09 Cancelar até: 27/08 Créditos: 3 Vagas: máximo 15 Local: Aulas virtuais OBS: A disciplina se dará de forma virtual, visto que os alunos usarão o software para edição de imagens em seus próprios computadores. CONTEÚDO: Técnicas de editoração de imagem; noções básicas do melhoramento de imagem; aspectos teóricos sobre fotografia científica, pixel, resolução, foco, ampliação e magnificação; comandos básicos para construir vetores e esquemas no próprio programa “Adobe Photoshop®”.
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BIF 5740 – BIOÉTICA PARA PESQUISA EM CIÊNCIAS DA VIDA Profs. Resp.: Drs. Maria Aparecida Visconti, Regina Célia Mingroni Netto, João Figueiredo Nobre Brito Cortese Dia da semana: 5ª feira Horário: 17h às 19h Período: 22/08 a 28/11 Cancelar até: 17/09 Créditos: 5 Vagas: máximo 30 Local: Remoto (Google Meet) CONTEÚDO: Origem e correntes da Bioética. História e fundamentos do pensamento ético relacionado às Ciências da Vida. Código de Nuremberg, Declaração de Helsinque, Relatório Belmont. Principialismo. Respeito à autonomia, beneficência, não maleficência e justiça. Bioética e alteridade. Temas em Bioética. Aborto, eutanásia, células tronco, clonagem, tecnologia de DNA recombinante e genômica. Ética e meio ambiente. Ética e políticas públicas de saúde. Pesquisa com animais. Pesquisas com seres humanos. Comitês de ética em pesquisa. Consentimento, privacidade, equidade.
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BIF 5742 – FISIOLOGIA ANIMAL COMPARATIVA Prof. Resp.: Dr. Fernando Ribeiro Gomes Dia da semana: 4ª e 6ª feira Horário: 8h às 12h Período: 23/10 a 04/12 Cancelar até: 02/11 Créditos: 4 Vagas: máximo 24 Local: Aulas virtuais OBS: 24 vagas, com preferência para inscritos do Programa Multicêntrico de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas. CONTEÚDO: 1. Princípios da fisiologia comparativa e o conceito de adaptação 2. Diversificação e adaptações dos sistemas sensoriais 3. Diversificação e adaptações dos sistemas integradores neurais 4. Diversificação e adaptações dos sistemas integradores neuroendócrinos 5. Diversificação e adaptações dos sistemas musculares e locomoção 6. Diversificação e adaptações da alimentação e digestão 7. Diversificação e adaptações metabólicas e de termorregulação 8. Diversificação e adaptações osmorregulatórias e dos sistemas de excreção 9. Diversificação e adaptações dos sistemas respiratórios e transporte interno de gases 10. Diversificação e adaptações dos sistemas circulatórios.
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BIF 5751 – TÓPICOS AVANÇADOS DE FISIOLOGIA - DISCIPLINA CANCELADA Profas. Resp.: Dras. Ana Maria de Lauro Castrucci, Maria Aparecida Visconti e Zulma Felisbina da Silva Dia da semana: 3ª feira Horário: 12h às 14h Período: 10/09 a 12/11 Cancelar até: 27/09 Créditos: 2 Vagas: mínimo 5 Local: Sala Erasmo Garcia Mendes (seminários) – Departamento de Fisiologia CONTEÚDO: O conteúdo será definido anualmente considerando o progresso científico nas áreas de interesse e a disponibilidade de especialistas para a apresentação de palestras de 45-60 min seguida de debates.
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BIF 5780 – FISIOLOGIA APLICADA AO CULTIVO DE PEIXES TROPICAIS Profa. Resp.: Dra. Renata Guimarães Moreira Whitton Dia da semana: 3ª a 6ª feira Horário: 8h30 às 12h e 14h às 18h Período: 05 a 16/08 Cancelar até: 08/08 Créditos: 4 Vagas: mínimo 2 Local: Remoto CONTEÚDO: 1) Introdução e sistemas de cultivo em piscicultura; 2) Apresentação dos principais mecanismos fisiológicos que regulam e afetam os animais em cultivo; 3) Fisiologia Respiratória: papel dos parâmetros físico-químicos da água na fisiologia respiratória dos peixes teleósteos; 4) Osmorregulação: Conceito de Homeostase; equilíbrio ácidobásico; osmorregulação em teleósteos dulciaquícolas e marinhos e mecanismos de adaptação; 5) Organização do sistema endócrino que modula a reprodução em peixes: eixo encéfalo – hipófise-gônadas e outros órgãos endócrinos associados; 6) Aplicações do estudo do sistema endócrino na reprodução induzida em peixes: Níveis de intervenção exógena, uso de compostos específicos; 7) Processos metabólicos envolvidos na reprodução de teleósteos: mobilização de carboidratos, proteínas e lipídios; 8) Mecanismos de Estresse: Estresse agudo, crônico e respostas fisiológicas; 9) Influência de Agentes estressores na reprodução: qualidade da água, manejo e poluentes.
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ZOOLOGIA
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BIE 5778 – ECOLOGIA DE COMUNIDADES Profs. Resp.: Drs. Renata Pardini e Paulo Inácio de Knegt López Prado Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h30 às 12h30 e 14h30 às 17h30 Período: 27/01 a 28/02 Cancelar até: 04/02 Créditos: 6 Vagas: mínimo 5, máximo 20 Local: Departamento de Ecologia OBS: 1) As aulas serão presenciais de 27 de janeiro a 21 de fevereiro de 2025. A última semana (22 a 28/02/25) é destinada à preparação de ensaio. 2) Matrícula de 18/11 a 06/12/2024, através de formulário específico, na secretaria de pós graduação do IBUSP (ou da unidade USP de origem do aluno). 3) Por favor verifique as exigências da disciplina antes de inscrever-se. Ver seção avisos em http://ecologia.ib.usp.br/bie5778. 4) Nossa disciplina oferece alguns recursos que visam a inclusão e acessibilidade. Entre em contato com os docentes se quiser conhecer o que já existe, ou para nos enviar suas demandas por novas práticas e recursos, para construirmos uma disciplina cada vez mais acessível. CONTEÚDO: Nesta disciplina discutimos as principais teorias em Ecologia de Comunidades, que propõem como diferentes combinações de quatro processos fundamentais (seleção, dispersão, deriva e especiação) criam e mantém as comunidades biológicas.
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BIZ 5723 – HETEROCRONIA E EVOLUÇÃO Prof. Resp.: Dr. George Mendes Taliaferro Mattox Dia da Semana: 6ª feira Horário: 10h às 12h Período: 16/08 a 29/11 Cancelar até: 11/09 Créditos: 3 Vagas: máximo 20 Local: Remoto CONTEÚDO: Conceitos de heterocronia. História dos estudos sobre heterocronia. Relação entre estudos filogenéticos e ontogenia: recapitulação. Tipos de heterocronia: pedomorfose, neotenia, peramorfose. Heterocronia em invertebrados e vertebrados. Desafios ao se estudar organismos heterocrônicos. Consequências evolutivas de processos de heterocronia: miniaturização e gigantismo. Heterocronia e sistemática filogenética.
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BIZ 5736 – PRINCÍPIOS DE ZOOLOGIA SISTEMÁTICA Profs. Resp.: Drs. Cristina Anne Rheims e Ricardo Pinto da Rocha Colaboradores: Drs. Pedro Gnaspini Netto e Mario Viaro Dia da Semana: 5ª feira Horário: 14h às 18h Período: 15/08 a 21/11 Cancelar até: 10/09 Créditos: 5 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático - IBUSP CONTEÚDO: Importância do treinamento em Sistemática. Linhas gerais da História da Sistemática. O papel da Sistemática na Biologia. Sistemática como Ciência. Principais escolas atuais. Sistemática evolutiva: Simpson, Mayr e outros. Sistemática Filogenética: Hennig, Nelson e outros. Sistemática Numérica: Sokal, Sneath e outros. A espécie - conceitos de espécie e sua aplicação; especiação; classificação infra-específica. As categorias superiores - origem das categorias superiores; tipos de evolução; irradiação adaptativa. Caracteres taxonômicos. Interpretação dos caracteres taxonômicos: homologia, analogia, convergência e paralelismo; estados plesiomórficos, apomórficos e homoplásticos dos caracteres; grupos simplesiomórficos, sinapomórficos, monofiléticos, parafiléticos e polifiléticos. Filogenia e Classificação: conceito de Filogenia; tipos de classificação; construção da classificação. Sistemática e Biogeografia: centro de origem, dispersão e vicariância; cladogramas de área. Princípios de Nomenclatura Zoológica: o Código Internacional de Nomenclatura Zoológica, suas regras principais, como utilizá-las para efetuar ou revisar uma proposta de classificação. ' |
BIZ 5741 - TÉCNICAS HISTOLÓGICAS APLICADAS À PESQUISA EM ZOOLOGIA Prof. Resp.: Dr. Fernando Jesus Carbayo Baz Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 8h às 16h Período: 14 a 25/10 Cancelar até: 17/10 Créditos: 4 Vagas: máximo 05 Local: Laboratório de Histologia - Departamento de Zoologia CONTEÚDO: 1) Histórico da Histologia e seus métodos de estudo. Principais aplicações na pesquisa em Zoologia. Exemplos de estudo. Técnicas histológicas: a lógica por trás das técnicas de fixação, inclusão e coloração. 2) Fixação: função; tipos de fixadores. 3) Processamento de amostras (meio de inclusão: parafina): a. Desidratação em série alcóolica. b. Diafanização (ou clareamento) em xilol. c. Infiltração e inclusão em parafina; orientação do material. d. Preparação e montagem dos blocos de parafina. e. Microtomia: aplicação de albumina nas lâminas; uso do micrótomo rotativo; distensão dos cortes; secagem das lâminas; problemas comuns durante a microtomia. f. Preparação para coloração: remoção da parafina e hidratação dos cortes. g. Técnicas de Coloração: Hematoxilina e Eosina; Tipos de Hematoxilina; Métodos Tricrômicos; Métodos Histoquímicos. Problemas comuns durante a coloração. h. Preparação de lâminas permanentes: desidratação dos cortes, aplicação do meio de montagem e lamínula. i. Análise das lâminas sob microscópio óptico. 4) Processamento de amostras (meio de inclusão: “historresina”): a. Desidratação em série alcóolica. b. Infiltração e inclusão em “historresina”; orientação do material. c. Montagem dos blocos. d. Microtomia: técnicas; uso do micrótomo rotativo motorizado; problemas comuns durante a microtomia. e. Técnicas de coloração: Azul de Toluidina e Fucsina Básica; Hematoxilina e Eosina; Métodos Histoquímicos. Problemas comuns durante a coloração. f. Preparação de lâminas permanentes: aplicação do meio de montagem e lamínula. g. Análise das lâminas sob microscópio óptico. 5) Descrições histológicas e sua documentação. Obs.: os(as) alunos(as) participarão ativamente em todos os procedimentos.
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BIZ 5749 - SISTEMÁTICA E EVOLUÇÃO DE RÉPTEIS E ANFÍBIOS (INCLUÍDA) Prof. Resp.: Drs. Taran Grant e Miguel Trefaut Urbano Rodrigues Dia da Semana: 2ª a 6ª feira, mais sábado 14/12 e domingo 15/12 Horário: 8h às 18h Período: 09 a 20/12, e 06 a 16/01/2025 Cancelar até: 18/12 Créditos: 8 Vagas: máximo 20 Local: IB/USP, Estação Biológica de Boracéia CONTEÚDO: Caracterização e origem dos grupos de répteis e anfíbios. Caudata, Anura e Gymnophiona. Testudines, Crocodylia e Squamata. Origem e diversificação. A fauna herpetológica neotropical: diversidade, distribuição, ecologia e especiação. Temas atuais de pesquisa em evolução de Répteis e Anfíbios. Além da parte teórica, o curso conta com uma excursão de campo com a duração de uma semana com trabalho noturno e diurno sobre os répteis e anfíbios da área alvo.
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BIZ 5774 - PRINCÍPIOS DE EVOLUÇÃO MOLECULAR APLICADOS À RECONSTRUÇÃO FILOGENÉTICA E FILOGENÔMICA Profs. Resp.: Drs. Daniel José Galafasse Lahr e Bruno Celso Feltrin Genevcius Dia da Semana: 6ª feira Horário: 8h às 12h e 14h às 18h Período: 09/08 a 27/09 Cancelar até: 24/08 Créditos: 6 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático CONTEÚDO: Conceitos básicos de genética evolutiva e genética de populações: arquitetura genômica, mecanismos de herança, teoria neutra da evolução molecular e tamanho efetivo da população. Reconstrução histórica: alinhamentos, utilização de modelos, exemplos de algoritmos mais utilizados para otimização, dentre eles, distâncias, máxima verossimilhança, e inferência bayesiana. Filogenômica: introdução à bioinformática, ortologia vs paralogia, árvores de espécies e árvores de genes, métodos coalescentes. Ramos derivados da sistemática filogenética: relógios moleculares, reconstrução de estados ancestrais, taxas de evolução, entre outros.
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BIZ 5787 – EVOLUTION OF COLONIALITY AND MODULARITY Profs. Resp.: Drs. Alvaro Esteves Migotto, André Carrara Morandini e Federico David Brown Almeida Colaboradores: Drs. Leo Buss (Yale) e Leandro Manzoni Vieira (UFPE) Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 22h Período: 09 a 20/12 Cancelar até: 14/12 Créditos: 6 Vagas: máximo 14 Local: Centro de Biologia Marinha da USP (São Sebastião-SP) CONTEÚDO: A primeira parte do curso incluirá leituras da literatura primária, seguidas de discussões em grupo sobre os seguintes tópicos: 1. Definindo a colonialidade. 2. Formas de vida e seleção multinível - Evolução da multicelularidade. 3. Consequências evolutivas da colonialidade (especialização, aloreconhecimento, miniaturização, incubação e clonalidade). 4. Modularidade dos organismos coloniais. 5. Morfologia funcional das histórias de vida coloniais. 6. Genética evolutiva da clonalidade. 7. Abordagens teóricas para o estudo da colonialidade. A segunda parte do curso incluirá atividades laboratoriais úmidas e observação / ilustrações de organismos vivos, incluindo: 1. Colonialidade em cnidários. 2. Colonialidade em briozoários. 3. Colinialidade em tunicados. 4. Colonialidade em outros grupos (rotíferos, entoproctos). 5. Colonialidade em esponjas? 6. Colonialidade em outros eucariontes (coanoflagelados, fungos, plantas).
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BIZ 5793 – MAMÍFEROS AQUÁTICOS: DIVERSIDADE, EVOLUÇÃO E ECOLOGIA Profs. Resp.: Dras. Thayara Silveira Carrasco e Rafaela Velloso Missagia Dia da Semana: 2ª, 4ª e 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 17h Período: 28/10 a 08/11 Cancelar até: 31/10 Créditos: 2 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático CONTEÚDO: O objetivo desta disciplina é apresentar e discutir os principais grupos taxonômicos de mamíferos aquáticos, além das suas adaptações fisiológicas e morfológicas ao ambiente aquático em um contexto evolutivo. A partir disso, serão elencadas as suas principais funções ecológicas e os impactos antrópicos e climáticos sobre esses ambientes e suas faunas. A disciplina também buscará informar e capacitar os alunos sobre os métodos mais utilizados no estudo da ecologia de mamíferos aquáticos.
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BIZ 5796 – TÉCNICAS MOLECULARES APLICADAS A ESTUDOS EVOLUTIVOS: DO TEMPO ECOLÓGICO AO GEOLÓGICO Prof. Resp.: Dr. Marcelo Visentini Kitahara Colaboradores: Drs. Kátia Cristina Cruz Capel, Carla Zilberberg, Jhonatas Sirino Monteiro (pós-doutorando), Aline Aparecida Zanotti Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 8h às 18h Período: 18/11 a 29/11 Cancelar até: 21/11 Créditos: 4 Vagas: mínimo 6, máximo 10 Local: Centro de Biologia Marinha da USP (São Sebastião-SP) CONTEÚDO: Além de discussões em grupo, a disciplina terá como conteúdo teórico: 1) breve histórico da Biologia Evolutiva, incluindo genética Mendeliana e molecular (importante para nivelamento dos discentes); 2) evidências da Teoria da Evolução; 3) aptidão, fenótipos, genótipos (normas de reação), adaptação; 4) holobionte/co-evolução; e 5) técnicas de sequenciamento de última geração. Do ponto de atividades práticas, os(as) discentes da disciplina irão se beneficiar com: a) extração de DNA e RNA; b) amplificações de genes específicos; c) execução de eletroforese; d) mensurar quantidade e qualidade de DNA, RNA e amplicons; e) realizar análises relacionadas a reconstruções filogenéticas; f) realizar amostragem de água e sedimento visando extração de DNA ambiental; g) preparar bibliotecas para metabarcoding e de genomas/transcriptomas; e h) desenvolver seus próprios projetos.
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BIZ 5797 – PALEONTOLOGIA E EVOLUÇÃO DE RÉPTEIS NÃO-AVIANOS Profs. Resp.: Drs. Daniel Martins dos Santos e Pedro Lorena Godoy Dia da Semana: 2ª, 3ª e 5ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 16h Período: 11/11 a 21/11 Cancelar até: 14/11 Créditos: 2 Vagas: máximo 20 Local: Centro Didático CONTEÚDO: A disciplina apresentará os princípios básicos da paleontologia de vertebrados, focando no registro fóssil e trajetória evolutiva das principais linhagens de répteis não-avianos (Lepidosauromorpha, Testudines e Archosauromorpha). O programa também irá familiarizar os alunos com as principais modificações e especializações dos sistemas musculoesquelético, respiratório, nervoso e tegumentar desses grupos, assim como as análises e sítios de preservação extraordinária (lagerstätten) que revelam tais padrões evolutivos.
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BIZ 5798 – PRINCÍPIOS DE MÉTODOS FILOGENÉTICOS COMPARATIVOS (INCLUÍDA) Profs. Resp.: Drs. Jorge Alves Audino e José Eduardo Amoroso Rodriguez Marian Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 18h Período: 14/10 a 25/10 Cancelar até: 17/10 Créditos: 4 Vagas: máximo 15 Local: Centro Didático OBS: Matrícula até 09/10, através de formulário específico, na secretaria de pós graduação do IBUSP (ou da unidade USP de origem do aluno). CONTEÚDO: Esta é uma disciplina introdutória a respeito de métodos filogenéticos comparativos com o objetivo principal de permitir que os estudantes se familiarizem com a importância da incorporação de dados filogenéticos em análises comparativas e estatísticas focadas na evolução e diversificação dos organismos. A disciplina busca oferecer contato inicial com diferentes métodos mais comumente utilizados em abordagens macroevolutivas, com foco em análises para caracteres discretos e contínuos de interesse biológico. Por meio das atividades propostas, a disciplina também objetiva auxiliar os estudantes na instrumentalização própria dessa área de conhecimento e na execução das análises. A disciplina é dividida em partes teórica – com aulas expositivo-dialogadas e estudos guiados – e prática – com atividades computacionais, principalmente em ambiente R, simulações e exercícios, seguindo tutoriais fornecidos. Os princípios dos métodos filogenéticos comparativos serão abordados por meio do estudo dos seguintes temas: (1) Histórico e conceitos dos métodos filogenéticos comparativos; (2) Tipos de dados: discretos, contínuos, univariados e multivariados; (3) Reconstruções de estados ancestrais para dados discretos e contínuos; (4) Implementação da informação filogenética: PIC, PGLS & transformação filogenética; (5) Modelos filogenéticos para regressão, correlação, ANOVA e derivados; (6) Ordenação filogenética (“PhyloPCA” e derivados); e (7) Modelagem de processos evolutivos: sinal filogenético, comparação entre taxas evolutivas e comparação entre modelos evolutivos (BM, OU e derivados). Para que a disciplina possa contemplar de forma efetiva estudantes com pouca familiaridade na área, os conhecimentos adquiridos serão aplicados em exercícios guiados com tutoriais, simulações e também a partir da reprodução de análises de artigos científicos que empregam métodos filogenéticos comparativos.
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IOC 5737 – DIVERSIDADE DE PEIXES: PRÁTICAS DE TAXONOMIA E IDENTIFICAÇÃO Profs. Resp.: Drs. Marcelo Roberto Souto de Melo e Mônica de Toledo Piza Ragazzo Colaborador: Drs. Pedro Pereira Rizzato e Rodrigo Antunes Caires Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 12h e 14h às 17h Período: 10 a 21/02/2025 Cancelar até: 13/02 Créditos: 4 Vagas: máximo 5 Local: Centro Didático CONTEÚDO: Os grandes grupos de peixes atuais - Myxiniformes, Petromyzontiformes, Chondrichthyes, Actinopterygii, Dipnoi, Actinistia: diversidade, características e relações filogenéticas. Os peixes Teleostei: classificação e identificação de espécies brasileiras. Diversidade de peixes neotropicais de água doce e marinhos. Princípios básicos de estudos taxonômicos em peixes: trabalhos de revisão taxonômica; pesquisa bibliográfica; lista sinonímica; chaves de identificação; a importância de coleções ictiológicas. Caracteres morfológicos como base de estudos taxonômicos; novas fontes de caracteres: taxonomia integrativa. Prática de campo: noções de coleta, fixação e preservação de exemplares e tecidos para análises moleculares. As aulas serão ministradas principalmente em laboratório e têm como objetivo principal a identificação de peixes pertencentes à diversas categorias taxonômicas, e serão precedidas(os) ou seguidas(os) por introdução expositiva curta e dialogada visando fornecer os elementos teóricos essenciais para a realização das atividades, bem como os princípios básicos envolvidos em estudos taxonômicos em peixes. Os alunos devem ter disponibilidade para dedicação integral ao curso durante o período de duas semanas.
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MZP 5024 – ORNITOLOGIA: ANATOMIA, EVOLUÇÃO E CONSERVAÇÃO DE AVES Prof. Resp.: Dr. Luis Fábio Silveira Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 8h às 18h Período: 09 a 20/12 Cancelar até: 12/12 Créditos: 4 Vagas: máximo 30 Local: Auditório - Museu de Zoologia da USP CONTEÚDO: Origem e evolução das aves; anatomia e reconhecimento da morfologia externa das aves; fisiologia, penas e vôo; histórico sistemático das aves e importância das coleções zoológicas; comportamento – comunicação visual e vocal; migração; reprodução; padrões de especiação, com ênfase no Neotrópico; estudo e reconhecimento das principais famílias de aves do Brasil; conservação; métodos de estudo das aves em campo.
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MZP 5056 – ICTIOLOGIA DE CAMPO Profs. Resp.: Drs. Aléssio Datovo da Silva, Mário César Cardoso de Pinna e Murilo Nogueira de Lima Pastana Dia da Semana: 2ª a 6ª feira Horário: 9h às 17h Período: 21 a 30/10 Cancelar até: 24/10 Créditos: 4 Vagas: máximo 6 Local: Centro de Biologia Marinha da USP e Museu de Zoologia da USP CONTEÚDO: (1) Introdução à diversidade e sistemática de peixes, com ênfase nos peixes brasileiros; (2) os diferentes ambientes aquáticos e suas ictiofaunas associadas; (3) metodologias de coleta de peixes; (4) caracterização ambiental e registro dos dados de campo; (5) aspectos éticos associados à coleta e eutanásia de peixes; (6) métodos de fixação e preservação de peixes; (7) triagem, organização e identificação dos exemplares amostrados; (8) catalogação de peixes em coleções zoológicas e suas práticas curatoriais associadas; (9) técnicas de elaboração de inventários ictiofaunísticos.
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